密教分胎藏界諸尊為蓮華部、金剛部、佛部，分別表示佛之大悲、大智、大定等三德。蓋金剛界以「除障成身、自受法樂」之行相，故轉九識而成五智，乃立五部以定尊位；相對於此，胎藏界則以「化度利生、他受法樂」之行相，開「大定、大智、大悲」等三門以引攝眾生，故立三部之別以賅攝諸尊。若以三部配涅槃三德，則蓮華部為法身，金剛部為般若，佛部即解脫。(一)蓮華部，眾生本具淨菩提心清淨之理，此理雖經六道四生之界，流轉生死之泥中而不染不垢，猶如蓮出污泥，故稱蓮華部。(二)金剛部，自心之理存有智，此智雖經無數劫而不朽不壞，能破煩惱，其堅固、摧破之二德猶如金剛，故稱金剛部。(三)佛部，理智具足，覺道圓滿，故稱佛部。

此三部之部母與部主各異，佛部以金剛佛頂為部主，以虛空眼為部母；蓮華部以馬頭觀音為部主，以伴陀羅縛字尼（即白衣觀音）為部母；金剛部以金剛手為部主，以忙麼雞為部母。若就中台八葉院而分別三部，則毗盧遮那表示總體，故以之為佛部；四行菩薩表示大悲之德，故以之為蓮華部；四佛表示覺智，故以之為金剛部。或以大日如來為佛部，彌陀為蓮華部，寶幢為金剛部。或以彌陀為蓮華部，釋迦為金剛部，寶幢與開敷花攝屬佛部。

若於第一重中分別三部，則遍知院及五大院攝屬佛部，觀音院攝屬蓮華部，金剛手院攝屬金剛部。若就整個曼荼羅而分別三部，則中台八葉院、遍知院、釋迦院、文殊院、五大院、虛空藏院、蘇悉地院攝屬佛部，右方之觀音院、地藏院攝屬蓮華部，左方之金剛手院、除蓋障院，及周圍之外金剛部院攝屬金剛部。若以此三部加上寶部、羯磨部，是為五部，金剛界即分五部而立。［蘇悉地羯囉經卷上、陀羅尼諸部要目、大日經疏卷五、秘藏記、胎藏界曼荼羅鈔卷下］（參閱「五部」1154、「胎藏界」3935） p620