念珠的作用主要是幫助修行者收攝心意,消除妄念,專注修行。同時也使修行人完成每日規定的課誦不致懈怠,記數而用。
《木穗子經》中,佛陀開示毗琉璃王「欲滅煩惱障報障者,當慣木穗子一百八,以常自隨,若行,若坐,若臥,恆常至心無分散意,稱念佛陀、達摩、僧伽名、乃過一木穗子,如是漸次度木穗子,若十若二十,若百若干,乃至百千萬,若能滿二十萬遍,身心不亂,無諸謅曲者,捨命得升第三焰摩天,衣食自然,常安樂行;若復滿一百萬遍者,當得斷除百八結業,始名背生死流,趣向泥洹,承斷煩惱根,獲無上果。」
《佛說校量數珠功德經》說「受持數珠校量中功德,獲益差別,若有誦念諸陀羅尼及名號,為欲自利及護他人」《金剛頂瑜珈念珠經》中載金剛薩壎菩薩偈曰:「靜慮思念心專注,念諸如來菩薩名,當獲無量勝功德,所求勝願皆成就。」
一粒粒念珠,圓潤飽滿,象徵著菩薩圓滿的正果。用線貫串起來,是表示菩薩的種種功德,串珠中的一粒母珠(俗稱佛頭)是表示彌陀佛的無量光明無量壽。念珠是串起來的,但也可以分開和斷結,這表示以菩薩的種種殊勝功德來斷除眾生的種種煩惱。
念珠又被有些人稱之為「栓馬索」,是比喻人心如狂奔的野馬,雜念紛紜,剎那不停,所謂「心猿意馬」。唐玄奘曾上表唐太宗謂:「願托慮於禪門,澄心於定心。制心猿之逸燥,係意馬之奔馳。」手掐念珠有助於遏制妄念,收攝心猿,栓系意馬,增加定力,專注一心,不生懈怠,精進修行,斷除報障,升起智慧,利已擴人,成就菩提。
手掐念珠,口誦佛菩薩真言或聖號(如淨上宗以行住坐臥不離念誦「南無阿彌陀佛」以收攝身心:藏地居民隨時隨地念誦觀音菩薩的心咒,即六字大明真言「嗡嘛呢唄美哄。」),心想諸佛菩薩的莊嚴慈悲德相,久而久之,煩惱自然減少,心地自然清淨。正如夢東禪師云:「清珠下於濁水,濁水不得不清;佛號投於亂心,亂心不得不佛。」念珠攜在身,使人時時反省內心,提醒自己:「諸惡莫作,眾善奉行。」
同時,據《數珠功德經》中曾說,若有人手持數珠,雖不念誦佛名及陀羅尼者,此人亦獲福無量。而《金剛頂念珠經》偈云:「若安項髻淨無間,由戴項上滅四重。手持臂上除眾罪,能令行人速清淨。」